MEGA

 
2019 年 7 月 30 日　改訂
井上 潤
MEGA は，配列のエディット，アライメント，系統関係や時間軸付き系統樹の推定，などを行うソフトウェアです．
BS 値付き NJ tree を推定する

ここでは，Mac のコマンドライン (CC) バージョンを説明します．スライドによる説明も参考にしてください．Documentation はこちらです．

megaNjBoot.tar.gz

megacc -a 010infer_NJ_protein.mao -d 010aaseq.fas -o 020_out

010infer_NJ_protein.mao

解析の設定が書かれています．megaproto で作成します．実際には，エディタでブートストラップ (BS) 計算の回数などを書き換えます．megaproto はmegacc をインストールすると自動的にインストールされます．

010aaseq.fas

ファスタ形式のアミノ酸配列．拡張子は fas でないと，動きません．

020_out

アウトファイルの名前

020_out.nwk

アウトファイル．Newick format です．

まだ充分に確かめたわけではありませんが，NJ 解析ではアウトグループを設定できないようです．おそらく，解析を行った後で，rooting を改めてやることになると思います．また，アミノ酸解析の経験的モデルは， JTT しか対応していません．
年代推定
Mega 7 を使って説明します．mega_reltime_example.tar.gz をダウンロードしてください．

=> Data > Open A File/Session から，Vertebrate6.fas

を選んでください．fasta 形式だと，アライメントファイルの読み込みがスムーズです．Phylip 形式だと，面倒です．その後，以下のように選んでください．

"How would you like to open this fasta file"
=> Analyze
=>Nucleotide Sequences
=> OK

"Protein-coding nucleotide sequence data>"
=> No

=> Clocks > Compute Timetree (ML)

Would you like to use the currently active data (Vertebrate6.fas)?
=> Yes
Step 1: Load Seqence Data
すでに選んだので，何もやらなくて良いです．

Step 2: Load Tree File
Browse..
=> Vertebrate6.tre
Step 3: Specify Outgroup
Select Branch...
=>
Please confirm: ....
=> Yes
Step 4: Specify Calibrations
Add Constraints...
上記の制約を，以下の画面を参考に入力してください．
上記の制約は Calibrations Export ファイルに入っています．
File > Import Calibration Data からこのファイルを選ぶことができます．
Setp5: Choose Analysis Settings
Set Options...

最後に，Execute を押して，解析を走らせます．


以下のような結果が得られるはずです．

こちら「RelTime による分岐時間推定」を参照しました．
2019 年 7 月．
系統樹の描画

こちらのビデオが参考になります．

 
参考文献

Mello B, Tao Q, Tamura K, & Kumar S (2017)
Fast and Accurate Estimates of Divergence Times from Big Data. Mol. Biol. Evol. 34(1):45-50.

ベイズ法によらない分岐年代推定 RelTime は，解析速度が速いが，MCMCTREE や BEAST と同じ結果が得られることを示す．ミトコンドリアゲノムは核ゲノムデータなど 8 つの大規模データを使用．