系統解析リンク集
22 Sep. 2020
プログラミング

Perl, R, CGI, EnsemblAPI(1,2), BioPerl, UnixTips, LinuxTips, シェルスクリプト, 解凍・圧縮, Emacs, Programs.pl, C, C++, SSH(Mac), WinSCP, コマンドプロンプト, mule, Maple, 解析パイプライン, Cyberduck, Python, JavaScript, DendroPy, Docker, eDNA, Cufflinks,

データベース
分類 NCBI, Know tree 構築, UniProt, FishBase, UODAS, Catalog of Fishes, ARB, PAST,Papers, SENTE, MENDELEY, Tree of Sex, TogoPictureGallary, DistanceCal, WoRMS, shark-references, SeaUrchin発現, WormBase, Xenbase, 門ごとの種数, Zenodo,
Nuc Genome

Ensembl, Entrez_Nuc,UCSC, HOVERGEN, RefSeq, CCDS, KEGG, TogoGenome, FishOrthoDB, dbSNP, GTEx,
Annotation: BLAST2GO,
Structure: Intron,
Synteny: SyntenyDB, Genomicus, SynFind, Evolution highway,
Karyotype: GenomeSize,
Orthology: PhylomeDB, TreeFam, phylomarker, SPIMAP, gVolante, ORTHOSCOPE(web tool, 使い方)
GeneOntology: DAVID, HGNC, BioMart,
Project: GOLD, NHGRI,
Species: EeelBase,
Other: DDBJ登録,

Mt Genome NCBI mtGenome list,
MitoFish, OGRe, MITOMAP, PDB, mtDB, mtSNP, MITOS,
化石 Paleobiology Database, Fossil Calibration Database,
地図作成

Google,

古地図作成 ODSN, PALEOMAP, PLATES, GMAP,
海洋研究 Ocean Data View,
地質年代表 広大・地球資源論研, Geologic Time Scale, WP
動物の画像 Animal Diversity Web, Tree of life, Ukiyoe, Chondrichthyes,
その他

EndNote, TreeBASE, Tree of life, 系統論文リスト, BOLDSYSTEMS, SendaFile, Togo pics, TIMETREE,
ポスドク職検索, PDF作成, 海外旅行, 研究航海Acrobat, DRYAD, Google Books, Ngram Viewer,

系統解析
総合サイト 統合TV, Phylogeny Programs, EMBOSS, 分子系統学演習, 系統樹作成, Galaxy,
オーソログ探索 aLeaves, HomoloGene, OrthoFinder, GeneSeqToFamily, TreeBeST, ORTHOSCOPE,
データマイニングなど BLAST+, Local Blast, BLAST, blat, 遺伝子の切り出し,GGGenome, fasta, Hmmer, Diamond, fimo, homer,
アッセンブル Newbler, Velvet, EGassembler, CAP3, minimus, FastQC, NGS Surfer's Wiki, NOVOPlasty, IDBA-UD,
シリーズ:1(公開データの収集), 2(fastq の検証), 3(fastq の精製), 4(アッセンブル), 5(TransDecoder: 転写配列の推定), 6(ORTHOSCOPE)
Gene prediction Augustus, GENESCAN, MitoAnnotator, GeSeq,
アライメント MAFFT,ProAlign, ClustalW,PRANK, MUSCLE,Translation Align, ESTScan,VISTA, Murasaki, phastCons, CNEr,
CDS alignment: PAL2NAL, TranslatorX,
Trimming: trimAl,Gblocks,
Genome: LASTZ,
転写産物の構造 HMMTOP, SOSUI, アミノ酸の性質, RNA,
シーケンスエディター Mesquite, MacClade, Se-Al, BioEdit(Win), SeaView, MEGA,
モデル・仮説の評価 Modeltest, MrModeltest, Kakusan,
配列解析 PAML, codeml, HyPhy, SeqVis,treeSAAP, PartitionFinder,
MP, ML, NJ tree 探索 RAxML (オススメ),
PAUP, Tree-Puzzle, Phylip, phylip web, GARLI,PhyML, MOLPHY, Treefinder, TNT(形態), IQ-TREE, FastME,
ベイズ tree 探索 MrBayes, AWTY, Tracer, TreeStat,
Coalescent theory MPEST, STRAW,
Phylogenomics ExaML,
相対速度テスト LINTRE, Phyltest, RERconverge, PhyloAcc,
分岐年代推定 mcmctree, multidistribute,r8s, BEAST, BEAST2, IRDIVTIME,PhyloBayes, 制約の選び方, MEGA,
系統樹の表示・比較 FigTree, TreeView, TreeStat, Dendroscope,
evolver, TREEDIST, XCED, blCal, treeYB, NJplot, BUCKy, TreeGraph2, CONCATERPILLAR, Archaeopteryx.js, ggtree,
遺伝子系統樹内部の
重複・種分化判定
Notung, DLCpar, Clustering,
シンテニー解析 CIRCOS, SyMAP, i-ADHoRe, SYNMAP, BEDTools,
祖先形質の推定 Mesquite, BayesTraits, SIMMAP
集団遺伝学 Arlequin, PopART, OMICTOOLS, PSMC, Network, TCS, GenAlEx,
種判別、 USEARCH,
Supercomputer HGC, SGE, SLURM, UCL, AORI,基盤センタ, NIG,
テキストエディター
Mac BBEdit, mi正規表現, TextWrangler, CPP Edit, textmate, ATOM, VisualStudioCode, Brackets, CotEditor, Brackets,
Win TeraPad, Sakura, 秀丸, xyzzy, Brackets,
辞書

英文作成, Oxford, アルク, weblio(英語類義語), Logophile, BNEnglish, 微分, WordRefギリシャ文字, Nature, thesaurus,

統計
Statistics Calculators, skew_Cauchy, keisan, Fisher's exact test, graphTK, PlymouthUniv, biopapyrus,
大学・研究機関
千葉中央博物館, フロリダ州立大学, ロンドン大学, 国立台湾大学西辻光希さん
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